2日夜里9點22分，廈門市海上搜救中心接到報警稱，翔安劉五店附近海域有一砂船正在漂移，且伴有黑煙和明火，情況危急。接警后，該中心立即啟動應急預案，并及時向相關部門通報了情況。同時，協調東海救助局廈門基地、海警三支隊、市消防支隊和翔安海上搜救分中心等各方力量前往事故現場展開施救。
“不知道是不是有東西被燒到，發生了爆炸，嘭嘭響。”目擊者說，當時砂船內有明火。記者了解到，當晚10點05分，廈門海事局“海巡08179”、東海救助局廈門基地“華英391”艇等救援船艇陸續抵達現場展開施救滅火。不過，在海上撲救容易引發次生災害，事發砂船隨后漂移靠岸。
此時，接到報警的新店消防中隊官兵已在岸上等候，船靠岸后，他們利用水槍對明火進行撲救。昨日凌晨0點6分許，現場火勢初步得到控制。在砂船的生活區，救援人員發現了一名男子，不過已經沒有了生命跡象。為確保撲救順利進行，現場救援人員將事發砂船固定在了岸邊。同時，岸上和海上的消防力量對砂船繼續進行撲救。
海事部門表示，起火船只的船名為“海順9”。經與船東聯系得知，當時船上共有3名船員，除已經發現的一名死者外，另外兩名失蹤。“7月3日早上9點多，船還在往外冒煙。”附近村民表示，遇難者的遺體已被民政部門運走。記者了解到，刑警也到達現場進行勘查。
截至記者發稿，兩名失蹤船員仍未被尋獲，“華英391”艇及相關救援力量仍在現場搜尋中。
